大正13年11月　 藤井巳之吉が現在の本社の地（当時兵庫県美嚢郡三木町福井１７７４）に藤井農機製造所を個人事業として創業する。

以来国是に則り、農業奨励策に共鳴し、脱穀機の製造に専念し、増産に努める。

昭和  2 0 年    戦後も引き続き米作の増産奨励策に平行し、脱穀機の改良製作に専念し、また 普及にも努力する。

昭和22年 8月   藤井農機株式会社として、法人組織に改組し、藤井巳之吉が取締役社長に就 任する。 資本金１００万円。

製造に伴う実用新案、特許の出願が受理され、製造設備の拡張と、増産体制をとる。

昭和29年 2月   研究熱心であった初代社長　藤井巳之吉が死去する。

創業者の志を継ぎ、長男の藤井雄が取締役社長に就任する。 新鋭機を続々と発表し、業界において「脱穀機は藤井式」と言われ有名になる。

昭和33年 3月　 増資し、資本金１,０００万円となる。

昭和35年 7月   二代目社長藤井雄が死去、二代目社長の実弟藤井弘が取締役社長に就任す

る。 

昭和37年 1月   増資し、資本金１,５００万円となる。

脱穀機製造から穀物乾燥機、製材機、風呂用練炭ボイラーへと生産の主力を移す。  

同時に、農業関連機械以外の産業機械の部品加工にも着手する。

昭和40年 6月   二代目社長の長男藤井健宏が三代目社長に就任する。

時を同じくし農業機械関連製品の製造を中止する。

昭和46年 2月   社名を株式会社フジイと変更し、製造の主力をオークラ輸送機殿より発注される物流システム関連の部品加工と、関西セグメント株式会社殿より発注される公共事業関連の地下下水道のセグメントの鉄筋加工、金属加工に専念する。

昭和63年12月　 新工場（現在の別所工場）を建設するための用地を三木市別所町に取得する。 

平成11年 4月　  塗装ならびに組立専門工場としての別所工場の一棟が完成する。 

平成18年12月　 三代目社長の長男、藤井琢也が四代目社長に就任する。